Application of machine learning and Cox regression algorithms to survival and risk analysis of molecular subtypes of Colorectal Cancer
We obtained and validated in a cohort of 1273 tumor samples from colorectal cancer (CRC) patients a signature of differentially expressed genes that was determined in human colon cell lines laking gene CDKN1A. The cohort is composed of normalized transcriptomic data together with phenotypic and survival data. We classified patients into the four Consensus Molecular Subtypes (CMS) of CRC reported by using independent algorithms to achieve robust results: CMScaller (uses Nearest Template Prediction (NTP) algorithm) and CMSclassifier (uses Random Forest). This approach yields us 854 samples classified in consensus. We performed risk analysis of the samples classified as CMS1 and CMS4 using machine learning. Finally, we used the validated gene signature from the cell line CDKN1A to obtain separability in the Kaplan-Meier curves in a meaningful way. Also, we performed a classification of patients based on their risk obtaining a signature of genes that most influence this separability.
Palabras clave: machine learning random forest survival analysis classification colorectal cancer transcriptomic data
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08/06/22
Visita a la Alhambra
Mañana jueves día 9 por la tarde visitaremos la Alhambra. 1. A las 19:00 comenzarán a salir autobuses desde la puerta del Hotel Granada Center (frente la puerta de la Facultad de Ciencias) 2. A la llegada se organizarán grupos con guías. 3. Habrá grupos en inglés. Estos grupos esperarán en el destino hasta la llegada de todos los autobuses. 4. Tras la visita a La Alhambra iremos andando al Carmen de los Mártires a tomar un cóctel. 5. A la vuelta, de nuevo podemos regresar en autobús que saldrán del mismo sitio desde donde nos dejen en la Alhambra. 6. Aunque el camino a La Alhambra en autobús parece largo, realmente está cerca de la ciudad. Os invitamos a que, quién lo desee, baje andando en un agradable paseo. 7. No olvidéis llevar con la entrada de la Alhambra vuestro documento acreditativo cuyo número coincide con el de la entrada que disponéis.
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31/05/22
Canal YouTube
Ya está en la web la etiqueta de menú desde donde ver las retransmisiones en directo: inauguración, plenarias, mesas redondas, ... ¡¡¡¡Np olvides entrar al canal de YouTube y suscribirte!!!!
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27/05/22
Cena de Gala
Se abre la posibilidad de que todo el que esté inscrito en el congreso, y desee que asistan a la cena de gala acompañantes no inscritos, puedan hacerlo pagando el precio de dicha cena (80 euros IVA incluido). Este pago deberá realizarse antes del 1 de Junio (inclusive). Para ello ponerse en contacto con [email protected]
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23/05/22
AVISO IMPORTANTE
Para entrar a la Alhambra en la visita del jueves día 9 es obligatorio presentar el documento identificativo cuya referencia se envió a la organización (eurocongres)
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16/05/22
Actos sociales
Todos los actos sociales están incluidos con el pago de la correspondiente inscripción.
